啟動子(promoter)在基因表現上扮演著重要的角色，啟動子是指一段能使基因進行轉錄的DNA序列，啟動子可以和轉錄因子相互作用，控制轉錄的表現程度。由於啟動子在表現上較不固定，生物學家無法確認一生物中確切的啟動子序列。傳統的循序式序列發掘方法無法找出像啟動子這樣長度與間隔皆不固定的序列，於是我們利用循序式序列發掘加上間隔限制來找出一生物序列上所有可能的啟動子序列。